בסיום המלחמה נותרו אצל משפחות המצילים ובמוסדות נוצריים ילדים יתומים שהוריהם הפקידו אותם בידי זרים כדי לנסות להצילם. במקרים רבים לא נותרו שארי בשר ולא היה מי שיאסוף אותם. היו מקרים שסוד מסירתו של הילד מעולם לא נודע כי לא נותר מי שיספר.
בשנת 1946 הקימו מספר תנועות ציוניות את הקואורדינציה הציונית להשבת ילדים שמטרתה הייתה להשיב ילדים ממשפחות המצילים חזרה אל יהדותם. הארגון יועד לילדים שהוסתרו אצל משפחות פולניות ובמנזרים במהלך המלחמה וקלט גם יתומי רפטריאציה - ילדיהם של יהודים שפונו למעמקי ברית המועצות עם הפלישה הנאצית וכעת שבו, אך לא היה מי שיטפל בהם.
שליחי הקואורדינציה הוציאו את הילדים מבתי המצילים, לעיתים לאחר חיפוש ממושך, איתור וניסיונות שכנוע. כאשר ביקשו להוציא את הילדים נתקלו בקשיים רבים. לא תמיד הסכימו הילדים ללכת עם האנשים הזרים שבאו לקחת אותם. הם נקשרו למציליהם ולא זכרו את הוריהם ואת זהותם הקודמת. בנוסף, במקרים מסוימים פחדו להשתייך לעם היהודי אחרי שנים של הסתרה ורדיפה.
לעיתים המצילים עצמם נקשרו לילדים ולא אבו להיפרד מהם, גם לא תמורת כסף. שליחי הקואורדינציה ניסו לשכנעם אבל לעתים נכשלו ונאלצו לוותר על לקיחת הילדים. היו גם מקרים בהם ברחו הילדים מבתי הילדים ושבו למציליהם או שהללו התחרטו ובאו לקחת את הילדים חזרה. כאשר שני הצדדים לא הצליחו להגיע להסכמה פנו נציגי הקואורדינציה לבתי משפט לצורך הכרעה.
עבור הילדים שנפדו והיו בני שלוש עד 13 הוקמו בתי ילדים, שם קיבלו ביגוד, מזון וחינוך יהודי וחלוצי. הניתוק מההורים, החיים בזהות שאולה ובחרדה מתמדת פן יתגלו והתלות בחסדי זרים השפיעו על נפש הילדים. רבים מהם הגיעו לבתי הילדים מוזנחים ורדופי טראומות עקב חוויותיהם ונדרשו להם טיפול מסור והבנה. מחנכיהם התאמצו לשחררם מהמועקות שליוו אותם וניסו להחזיר להם את האמון הבסיסי באדם.
הילדים שגדלו הועברו לתנועות הציוניות שהיו חלק מהארגון. הקואורדינציה פעלה ממשרד בלודז', בהנהלת לייבל קוריסקי. הארגון פעל ללא אישורים מהשלטונות ובמימון ועד ההצלה בירושלים והג'וינט. בנובמבר 1946 יצא בהוצאה חד פעמית עיתון הקואורדינציה 'פארן יידישן קינד' ׁׁׁ-למען הילד היהודי ובו מאמרים ורשימה של שמות הילדים שבבתי הילדים של הקואורדינציה.
![אלבום עם תצלומי ילדים ופרטיהם האישיים שהכינה הקואורדינציה הציונית לגאולת ילדים. על שער האלבום כתוב "ילדים ששבו ליהדות"](https://www.yadvashem.org/sites/default/files/Screenshot_4_0.jpg "אלבום עם תצלומי ילדים ופרטיהם האישיים שהכינה הקואורדינציה הציונית לגאולת ילדים. על שער האלבום כתוב "ילדים ששבו ליהדות"")
