«El 22 de junio de 1941 fue como un terremoto, como un enorme volcán en erupción» así recordó Zakhar Trubakov en sus memorias. Uno de los pocos judíos que presenciaron la masacre de los judíos de Kiev en Babi Yar, y describió el sentimiento que se apoderó tanto de él y como del público durante la invasión alemana de la Unión Soviética.
En junio de 1941, tras haber derrotado a Yugoslavia y Grecia, la Alemania nazi lanzó un ataque sorpresa contra la URSS. «Operación Barbarroja» fue el nombre en clave con el que se denominó a la incursión de unos cuatro millones de soldados en territorio soviético. Los ejércitos de Rumanía y Finlandia lucharon junto al ejército alemán, al igual que los destacamentos del ejército enviados por los aliados de Alemania: Italia, Eslovaquia, Hungría y Croacia. El objetivo de la operación era precipitar el derrumbe de la «fortaleza del bolchevismo» antes del inicio del invierno, y el ejército invasor se apoderó de miles de kilómetros de territorio. En poco tiempo, la Alemania nazi asediaba Leningrado al norte, y más tarde, en la ofensiva, sus tropas llegaron a las orillas del río Volga en el sur, no lejos de la capital, Moscú.
La Operación Barbarroja fue un hito en la Segunda Guerra Mundial y un punto de inflexión en el destino de los judíos. La campaña en la URSS y los territorios anexionados por los soviéticos fue una guerra ideológica y racista a muerte, que se caracterizó incluso después de que las batallas terminasen por la implementación de la política asesina de la Alemania nazi y por un daño generalizado a la población civil, especialmente a los judíos. La campaña ideológica y la identificación del comunismo (al que se llamó «bolchevismo») con los judíos y el judaísmo crearon un vínculo estrecho entre la guerra y la política antijudía. La Alemania nazi, que ya había instituido una política de expulsión, aislamiento y persecución de los judíos en Alemania, Polonia y la Europa Occidental, una estrategia que infligía hambre, sufrimiento y muerte, ejecutó por primera vez, una amplia política oficial de asesinatos en masa tras invadir la URSS, que pronto se tornó sistemática.
En la retaguardia del ejército alemán en la guerra contra la URSS se encontraban los Einsatzgruppen, cuatro unidades móviles de matanza de las SS encargadas de combatir las «amenazas ideológicas»: comunistas, partisanos y judíos. Unidades del ejército, la policía y otras fuerzas cometieron asesinatos en colaboración con ellos. Principalmente fusilaron a los hombres durante las primeras semanas después de la invasión. Sin embargo, a principios de agosto de 1941, el círculo de asesinatos se expandió gradualmente para abarcar las amplias franjas del territorio y a todos los judíos en las áreas ocupadas -hombres, mujeres y niños- excepto un pequeño número de ellos que fue asignado a realizar trabajos forzados.
Los actos de asesinato siguieron un patrón particular: a través de amenazas y diversas formas de engaño, se pidió a los judíos que se presentaran en los lugares indicados, donde se reunieron. Desde allí fueron llevados a pie o en camiones a un lugar cercano, ya fuese un barranco, bosque, castillo o lugar de vacaciones, y allí fueron asesinados. A veces, los alemanes hicieron uso de zanjas antitanques, a menudo obligando a un grupo de entre las víctimas a cavar ellos mismos las fosas de muerte. Se ordenó a los judíos que se desnudaran y entregaran sus objetos de valor a cierta distancia de las fosas comunes, y luego fueron llevados a dichas fosas y fueron fusilados. Muchos fueron enterrados vivos. Como ejemplo, de acuerdo a los informes alemanes, 33.771 judíos de Kiev fueron asesinados en un barranco cerca de la ciudad de Babi Yar del 29 al 30 de septiembre de 1941 (en la víspera de Yom Kipur, el Día de la Expiación). En Ponar (Ponary), un bosque a unos diez kilómetros de Vilna, Lituania, más de 70.000 personas, la inmensa mayoría de ellos judíos, fueron asesinadas a partir de julio de 1941. Durante este mismo período, los judíos también fueron asesinados en operaciones similares en el territorio yugoslavo ocupado por Alemania y por el régimen de Antonescu en las tierras ocupadas de Rumanía. El Dr. Ahron Péretz, que fundó y desempeñó el cargo de director del Departamento de Ginecología en el Hospital Rambam en Haifa, testificó en el juicio contra Eichmann sobre el asesinato de los judíos de su ciudad natal de Kaunas (Kovno), Lituania: «Sólo unos pocos sobrevivieron a ese lugar, y luego nos contaron los impactantes sucesos».
La capacidad de los hombres de las SS y los comandantes y soldados alemanes para asesinar a los judíos se debió ante todo a su profunda identificación con la ideología nazi, que se basaba en un antisemitismo extremo que consideraba a los judíos y al judaísmo como la raíz de todos los males del mundo. Según este punto de vista, los judíos y el judaísmo eran una fuerza demoníaca que aspiraba a gobernar el mundo, instigaban revoluciones sociales y difundían el comunismo, y eran una raza destructiva que envenenaba y socavaba los cimientos mismos de la existencia humana. Después de años de persecución caracterizada por degradar, aislar y privar a los judíos de sus derechos y dignidad en todos los lugares a los que llegaron los nazis, la cosmovisión nazi alemana se volvió aún más extrema, hasta el punto de que se podía cometer un asesinato a gran escala lo más completo posible. La internalización de la ideología, la propaganda y la política alemana nazi, fueron cruciales para poder asesinar a mujeres y hombres judíos, ancianos y niños cara a cara. Junto con esto, una diversa gama de contextos psicológicos y sociales permitieron a hombres «corrientes» deshacerse de toda restricción moral y unirse a la matanza de civiles inocentes desarmados.
La invasión alemana de la URSS también implicó pogromos cometidos por población local contra sus vecinos judíos, y decenas de miles de judíos fueron asesinados por sus compatriotas mucho antes de que la política de los ocupantes alemanes fuera clara. Además, milicias locales y grupos organizados en Ucrania, Bielorrusia, Lituania, Letonia y el este de Polonia colaboraron con los alemanes y participaron en la persecución y asesinato de judíos. Asimismo, los aliados de Alemania en Rumanía y Croacia administraron una política independiente de persecución, expropiación de propiedades y asesinato de judíos. Muchos civiles expresaron schadenfreude (alegría por la desgracia de otros) por la catástrofe que había sobrevenido a los judíos, y explotaron su difícil situación para su propio beneficio informando sobre ellos, extorsionando y robándoles sus propiedades. Hubo quienes escondieron y rescataron a judíos, los escasos Justos entre las Naciones que arriesgaron sus vidas para ayudar a sus vecinos judíos. Sin embargo, el antisemitismo tradicional y moderno, la atmósfera de intimidación que impusieron los alemanes y la tendencia humana a conformarse, llevaron a la mayoría de la población local a reaccionar con indiferencia ante el asesinato de los judíos.
Cerca de un millón de judíos que vivían en los territorios soviéticos ocupados por los alemanes lograron huir hacia el interior del país junto con el ejército soviético en retirada. La evacuación en los «trenes en dirección este» resultó haberlos salvado en retrospectiva, a pesar de que estos judíos también vivieron en condiciones sombrías durante la guerra y sufrieron escasez y hambre, y algunas veces realizaron trabajos forzados al servicio de las autoridades soviéticas.
Bajo la oscura sombra del asesinato en masa, los judíos comenzaron su lucha por vivir. Huyeron a las aldeas y los bosques en busca de lugares para esconderse. Miles se unieron a las unidades partisanas y combatieron en los bosques. Contra todo pronóstico, los grupos clandestinos intentaron organizar actos de resistencia y rescate en decenas de pueblos y ciudades. En muchos guetos y campos de trabajo, los judíos lucharon por su dignidad humana y su espíritu judío, logrando establecer instituciones educativas, culturales y religiosas, e incluso documentar algunas de las atrocidades y el sufrimiento para la posteridad.
La vida judía que había existido durante siglos en la Europa del Este fue prácticamente borrada. Aproximadamente un millón de judíos fueron asesinados dentro de las fronteras previas a la guerra de la Unión Soviética, y alrededor de un millón y medio de judíos fueron masacrados en los territorios anexados por la URSS entre 1939 y 1940. En los últimos meses de 1941, sobre la base de la experiencia acumulada en asesinatos en masa, y en particular debido a la radicalización ideológica que consideraba la guerra como un momento de «todo o nada», la idea de asesinar a los judíos en masa cristalizó en un plan integral, iniciando por destruir a todos los judíos de Europa: se establecieron y ejecutaron campos de exterminio, se implementaron tecnologías mejoradas para los asesinatos en masa y comenzaron las deportaciones en tren «hacia el este» desde el resto de Europa. El asesinato de los judíos de la URSS y los territorios anexados fue el comienzo de la consolidación de la «Solución Final»: la aniquilación sistemática de los judíos por parte de la Alemania nazi. Al final de la guerra, unos seis millones de judíos habían sido asesinados.
